Outras medidas de controle das emissões aéreas, especialmente de hidrocarbonetos, foram os tanques com tetos e selos flutuantes que acompanham o nível do produto e impedem as evaporações, um novo terminal de enchimento automatizado de caminhões e um novo terminal de carregamento de solventes.
Ainda no combate às emissões, a partir de 1991 a empresa iniciou um plano de melhoria na automatização de suas unidades de refino, garantindo uma operação precisa e um combustível sempre dentro das especificações.
O segundo grande desafio ambiental era o tratamento de efluentes líquidos, uma vez que no refino de petróleo são utilizados aproximadamente 350 mil litros de água por dia, que não podem voltar à natureza sem purificação.
A Refinaria, por iniciativa própria, inaugurou em 1994 uma Estação de Tratamento de Efluentes Líquidos, com tratamento biológico, onde bactérias degradam a matéria orgânica contida no efluente e outros componentes tóxicos.
O resultado é que a empresa alcançou o padrão de excelência no tratamento da água utilizada em seu processo, equiparando-se aos padrões dos países do Primeiro Mundo.
O terceiro desafio da Refinaria foi a extinção da lagoa de borra oleosa que se originou de resíduos sólidos dos tanques de armazenamento de petróleo. Após intensivas experiências e testes foi encontrada a solução de adicionar borra oleosa à argila para a fabricação de tijolos e cimento. Hoje esse resíduo é enviado às cimenteiras no Estado do Paraná. Este processo atende a todos os requisitos legais, sempre primando pela legalidade e qualidade dos prestadores de serviços, atendendo também aos requisitos da ISO 14001 e Órgãos Oficiais competentes.